Abrasi laut menjadi ancaman nyata bagi kelestarian Tanah Lot. Setiap tahun, diperkirakan beberapa sentimeter batu karang terkikis oleh kekuatan ombak dan aktivitas manusia. Program konservasi terpadu melibatkan ilmuwan, pemuka adat, dan komunitas lokal untuk mencari solusi jangka panjang.
Salah satu inovasi yang menjanjikan adalah penanaman terumbu karang buatan di sekitar kaki batu karang utama. Selain memperkuat struktur alami, terumbu karang ini juga menjadi habitat bagi biota laut dan menambah kekayaan ekosistem pesisir di kawasan warisan budaya Tanah Lot.